ＪＷＣ・ＤＸＦファイルの上書保存のことでしょうか。

環境設定ファイル（＊＊.jwf）の一般設定で
Ｓ_ＣＯＭＭ_０＝・・・・・・・０　０　
の前から８番目の数字を下記のように０から１に変更すると、
Ｓ_ＣＯＭＭ_０＝・・・・・・・１　０
ＪＷＣ・ＤＸＦファイルの上書保存とBAKファイル作成が出来ます。

環境設定ファイルでのみ設定可です。

『Ｓ_ＣＯＭＭ_０』は、
起動時の"Jw_win.jwf"でのみ有効ですので
環境設定ファイル名を Jw_win.Jwf にし、
JWWフォルダ内（Jw_win.exeのあるフォルダ内）に保存すると、
ＪＷＷ起動時に自動的に読み込まれます。