勇み足さん、横から失礼します。

上書き出来ないファイルはＪＷＣ形式のファイルではありませんか。
この場合は、環境設定ファイルで設定する必要があります。

環境設定ファイル（＊＊.jwf）の一般設定で
Ｓ_ＣＯＭＭ_０＝・・・・・・・０　０　
の前から８番目の数字を下記のように０から１に変更すると、
Ｓ_ＣＯＭＭ_０＝・・・・・・・１　０
ＪＷＣファイルの上書き保存が出来ます。

環境設定ファイルでのみ設定可です。

＊＊.jwfのファイル名を Jw_win.Jwfにし、
JWWフォルダ内（Jw_win.exeのあるフォルダ内）に保存すると、
ＪＷＷ起動時に自動的に読み込みます。

※『Ｓ_ＣＯＭＭ_０』は、起動時の"Jw_win.jwf"でのみ有効
です。

詳しくは、Sample.jwf を参考にしてください。