>ファイルがいっぱいです（60ファイル超え）と出ます
>一番簡単な対処法は何でしょうか。

一番簡単かどうか分かりませんが・。・
■エクスプローラーとか使えますか？

c:\┌data2003\┌abc01.jwc
   │         ├abc02.jwc　　←60以下
   │         └abc03.jwc
   │
   ├data2004\┌efg01.jwc
   │         ├efg02.jwc　　←60以下
   │         └efg03.jwc
   │　　　　

上記のようにフォルダーをいくつか用意してそれぞれのデータやフォルダ
が６０以下になるように[移動]するのがいいと思います。系統別に判りや
すく分類すると良いでしょう
エクスプローラの扱いになれていなくて[移動]が心配ならば、[コピー]を
使って元のデータを残しておき、上手く作業ができたら元のデータを削除
（ゴミ箱へ）という方法が安全なような気もしますが、かえって混乱する
かもしれません

もし....もしも６０を超えるファイルの中に本当に不要なデータがあれば
JW_CAD上でそのデータを削除して６０以下としてしまうという荒技？もあ
りますが、お奨めしません...【＾＾】

PS:あまりフォルダーの階層を深くしたりすると『(dir)が深すぎます』と
表示され、読み込めなくなるので注意して下さい。（常識的なツリー状態
であれば大丈夫です）

※フォルダの作成や[移動][コピー]の操作が不明なら再度質問して下さい
※新しいフォルダの作成だけでしたら、JW_CAD上でもできます
　[入出力］→[ファイル]→[保存]→［ディレクトリ作成]
　参考：ディレクトリ(Dos)＝フォルダ(Wibdows)です。