普通jwfを書き換える必要はありませんけど、どのようにVerUPを
されているのでしょうか？　私は以下の方法です．

１．ネットより最新版を任意のフォルダにDLする．
２．DLした『jww***．exe』をＷクリックして実行する
　　「インストール先指定して下さい」と聞いてくるので
　　デフォルトの[c:\jww]のままＯＫする．
　　（インストール先はc:\jwwとして下さい、他の場所に
　　インストールすると外変など問題が出ることがあります）
３．あとは必要なファイルが上書きされて自動的にVerUP完了

以上これだけの作業（30秒位）です．

この際ユーザーが作った『jw_win.jwf』や図形(.jwk、.jws)建具
(.dat)など（最初にインストールしたときにできるオリジナルの
ファイルと違う名前のデータやフォルダ）は同じフォルダ[c:\jww]
にあっても、消されたり上書きされたりはしません．
ただし、万が一のことを考えて、そのようなファイルは別のフォルダ
や媒体(CD,FDなど)に保存しておくことをお奨めします．

Ver3.**から4.**など、大きくバージョンアップされているときは
データ形式が変わっているので一端アンインストールして新たにイ
ンストールした方が良いと聞いたことがありますが（私は特にして
いないのですが問題は出ていません＿%^。^;）もしそのような作業
をするにしても『jw_win.jwf』などは別の場所に保存をしておいて、
インストール後、[c:\jww]へコピーで完了です．

【補足】他のコンピュータへのVerUP（自己流？）

Jw_cadのバージョンアップもそうですが、複数のPCを使う場合に、
外変など一台一台同じ作業をするのが面倒です．外変、記変、建具、
図形など同じ[c:\jww]にフォルダ分けをして入れておけばそのフォ
ルダごと別のPC（すでにJWWインストール済み）へ上書きコピーする
だけです．例えば職場のPCの[c:\jww]をCDに焼き付けて自宅PCの
[c:\jww]に上書きするだけで同じ環境になります．

※ただし違うOSのPC間では"gawk.exeを PATH の通ったフォルダへ
コピーしjgawk.exeとリネームして使用する．．．みたいな外変では
チョット工夫がいりますけど＿%・・